受米克拉颱風外圍環流、鋒面及強烈西南氣流影響，台南市24小時累積雨量多處突破300毫米，造成部分低窪地區積淹水，以仁德、永康三爺溪流域多處淹水，其中永康崑山科技大學周邊再度積水，網友戲稱「崑山水樂園」重現。

  26日6時滿潮時段，外水水位滿潮，區域排水及雨水下水道排水受到潮位頂托影響，雨水無法順利排入河川，因而造成台南部份地區積淹水，各地區抽水站58站投入抽水，總抽水量達1,560萬噸，約6,240國際標準游泳池，相當於1座白河水庫容量；惟降雨量驚人，加上部份設施防洪標準不足，三爺溪水位直逼臨界點，造成仁德、永康等地區積淹水發生。

  水利局指出，這波「626豪雨」屬百年至兩百年重現期的極端降雨，最大時雨量達97.5毫米，為全國最高，遠超過都市排水系統每小時約60至70毫米的設計容量，降雨1小時累積雨量，新化區達103毫米、新市區97.5毫米、歸仁區94毫米、永康區88毫米、中西區81毫米、仁德區73.5毫米，歸仁區6小時達264.5毫米，南區12小時368毫米皆已超過排水系統的設計容量及保護標準。

  仁德區太乙工業區及交流道周邊因24小時累積雨量達321毫米，已超過三爺溪10年防洪標準，加上二仁溪水位高漲及早上6時適逢滿潮影響，導致內水無法順利排出；雖然抽水站及移動式抽水機已全力運轉，排水效率仍受限，待外水位下降後，積水才陸續消退。過去逢大雨幾乎必淹的中華醫事科技大學周邊，未出現嚴重淹水。

  市場、工業區及商圈也陸續傳出災情，大塩行商圈26日凌晨積水，仁德太乙工業區道路積水造成部分廠房受淹，仁德市場因周邊積淹水無法營業，淺草市場部分攤位積水超過10公分，部分市場已自行抽水排除。

  台南地區一度有2萬4674戶停電，台電台南區營業處表示，經全力搶修，目前主幹線及分岐線復電率已達100%，晚間完成所有停電戶復電作業。

  市長黃偉哲26日冒雨前往北門蘆竹溝視察抽水站運作情況，他表示目前三爺溪堤防的保護標準為「10年防洪頻率、25年不溢堤」，雖已加高將近50公分，相較於台北市高達200年的防洪標準，保護強度仍有顯著差距，期盼立法院多幫忙，讓中央治水總預算趕快通過，以利地方升級防洪標準。