有關114年10月2日綠色和平組織提出「漁業活動導致珊瑚衰退，漁業管理納入海洋保護區規劃」訴求，影響淺海珊瑚(礁)海域環境影響因素包括氣候變遷海水溫度升高、人為活動及開發行為等；近年小琉球遊客量已超過建議環境承載量，且小琉球海域自102年起依漁業法相關規定，3浬內海域已禁止網具類漁船作業，澎湖縣政府102年已公告南方四島底刺網禁漁區，漁業署表示尚不宜片面認定漁業活動為影響淺海珊瑚(礁)主要因素。

影響珊瑚礁之因素多元，須長期科學研究驗證

針對近年珊瑚礁狀況不佳，海洋委員會前於111年召開多場小琉球珊瑚保育議題溝通會議，盤點珊瑚保育威脅因子，包括浮潛活動踩踏珊瑚礁、未經處理設施之污水流入海洋導致水質不佳及水中營養鹽過高、過度捕撈及海洋廢棄物等多種類複合性影響因素，皆可能是造成珊瑚白化與覆蓋率下降的原因，並不可直接歸因於漁船活動，相關因果關聯必須經長期調查與科學數據驗證，方能下定論。

漁業署已輔導地方政府依漁業法制定管理規範與落實經營管理

漁業署說明，海洋保護區由各目的事業主管機關依法管理，依據《海洋保育法》第6條第1項規定，海洋保護區包含國家公園、野生動物保護區、水產動植物繁殖保育區等，由各目的事業主管機關依海域實際利用情形，允許漁業作業與管理。

淺海珊瑚（礁）並非漁業捕撈物種，但為水產物種重要棲地，漁業署已採取多項措施維護環境，包括距岸3浬內海域全面禁止拖網作業、輔導刺網業者轉型釣具漁業，並協助澎湖縣、屏東縣、臺東縣、宜蘭縣及高雄市政府依《漁業法》第44條公告沿岸12浬內海域禁止採捕珊瑚（礁）；同時補助地方政府強化海域巡護經費，避免非法採捕及破壞行為，以維護珊瑚礁棲地環境。

以科學證據為基礎，持續推動永續管理

漁業署最後表示，公共政策應以科學證據為基礎，避免以片面推測造成社會誤導，將持續輔導地方政府加強水產動植物繁殖保育區經營管理，並透過禁捕、巡護與漁業轉型等措施，維護珊瑚礁生態及海洋資源永續。